Ha antichissima fondazione. Secondo la leggenda, fu fondata nel XII-XI secolo a.C. al tempo dell'eroe greco Diomede che, insieme ad Ulisse, conquistò la città di Troia dell'Asia Minore. I ritrovamenti denotano che il centro fu fondato in epoca anteriore alle guerre puniche. Prima di essere colonizzata dai Romani, la città era conosciuta come Aika, successivamente latinizzato in Aecae, ed ebbe un forte sviluppo socio-economico con Herdonia (l'attuale Ordona), Ausculum (Ascoli Satriano), Arpi (Foggia), Teanum Apulum (San Paolo di Civitate). Il borgo attuale nasce nel 1019. Assediata dai Saraceni e poi trasformata in roccaforte dai bizantini, la città fu soggetta a numerose assedi: da quella di Enrico II, a quella dell'imperatore Federico II di Svevia. Nel 1093, Urbano II, il Papa delle crociate tenne il primo concilio di Troia, cui seguirono altri tre, rispettivamente nel 1115 (papa Pasquale II), nel 1120 (papa Callisto II) e nel 1127 (papa Onorio II). La città si schierò prima con gli Angioini, poi con gli Aragonesi e, più recentemente, con i Borboni, cui restò fedele fino al crollo della loro monarchia. La cittadina custodisce numerosi tesori artistici che ne fanno uno dei più affascinanti borghi medioevali di tutta l'Italia meridionale. Il panorama economico di Troia è tutt'ora essenzialmente agricolo, legato alla tradizionale coltivazione di grano duro e alle eccellenti produzioni di olio extra vergine di oliva e di vino, famosa è l'uva di Troia.