Si riteneva che l'antico nome della città, in epoca messapica, fosse Anxa, ma non si hanno conferme di questa ipotesi dai dati archeologici, già assai scarsi: è giusto ritenere, quindi, che Gallipoli fosse semplicemente uno scalo della messapica Alezio. Contrariamente a quanto suggerito dal gonfalone cittadino, su cui campeggia un gallo, la radice del nome Gallipoli non pare avere nulla a che vedere con l'animale. Secondo un'opinione diffusa la parola Gallipoli deriverebbe dal greco classico Καλλ?πολις (Kallí Pólis o Kallípolis), che significa "città bella". Alcuni studi, invece, riconducono l'origine del nome al toponimo kal, in questo caso nella sua variante gal, presente anche nei toponimi salentini Calimera, Galugnano, Alliste (originariamente Calliste). Stando a quest'ultima ipotesi, Gallipoli significherebbe "città dello scalo" oppure "dell'emporio/fondaco".