Il nome del centro riflette il culto per la Santa patrona del paese. Secondo la tradizione popolare nel XV secolo, prese il nome di Santa Cisaria da una vergine giovane, forse originaria di Otranto, che per sfuggire alle insidie del padre brutale e violento, si rifugiò in una grotta del centro abitato. Qui il padre precipitò, avvolto da una nube densa e la fanciulla si salvò. Da allora una sorgente di acqua sulfurea sgorga dalla terra, proprio nel punto dove si compì la tragedia La specifica allude al fatto che la zona è una stazione termale. Il centro si sviluppa nei primi anni del Novecento, grazie allo sfruttamento delle acque benefiche che qui si trovano, con il nome di Marina di Santa Cesarea. Amministrata da Ortelle fino al 1913 , divenne comune con le frazioni di Vitigliano e Cerfignano.