Il primo documento dove si trova il nome di Modugno risale al maggio 1021. Si tratta di un contratto con il quale un tale Traccoguda "de loco Medunio" dava in prestito otto soldi a Giovanni e Mele di Bitetto, ricevendo in pegno una vigna che si trovava "in ipso loco Medunio". L'ipotesi maggiormente accreditata sull'origine del nome "Modugno" è quella che lo farebbe derivare da "Medunium", ovvero "in medio", a metà strada tra Bari e Bitonto. Nella centuriazione (divisione dell'agro) romana, il primo nucleo di Modugno doveva, infatti, trovarsi al confine tra l' ager bitontinus e l' ager varinus. Un'altra ipotesi sull'etimologia del termine Modugno, è legata al nome della piccola altura dove sorse il primo borgo modugnese: la motta. In questo caso "Metu-genus" o "Mottu-genus" significherebbe "sorto sulla motta". Esiste ancora un'altra ipotesi, ma ritenuta poco affidabile, secondo la quale il nome di Modugno deriverebbe dalla città greca di Medon o da quella di Modon: i colonizzatori greci usavano dare il nome delle proprie città di origine alle nuove colonie. Ma ciò presupporrebbe che l'origine di Modugno sia di molto precedente a quella che si ritiene comunemente.