Negli antichi documenti il casale viene denominato Juianellum. L'etimologia potrebbe derivare da Giuggiola, supponendo che in passato ci fosse una vasta tenuta di Giuggili (Zizyphus jujuba). Altre ipotesi rimandano l'origine del nome al centurione romano Giuggianus o a un comandante che si stabilì nel territorio in seguito alla conquista romana del Salento. Più probabile l'ipotesi che il nome derivi da Joannellum dal latino Giovannello (piccolo Giovanni) al quale è attribuibile anche la Grotta di san Giovanni (Joanni). La traduzione del nome dialettale infatti (Sciuvaneddhru) è alla lettera "Giovannello" e non Giuggianello la cui traduzione in dialetto sarebbe Cicianeddhru che nulla ha in comune con le giuggiole.